2016年在读研究生
1、在读博士研究生:
年 级 |
名 单 |
||||||
13级(35人) |
孙 杨 |
张 伟 |
杨 森 |
张伟平 |
付海田 |
宋 阳 |
方 真 |
万爱妮 |
刘春凤 |
韩宇鹏 |
徐 楠 |
黄淑霞 |
王 靓 |
徐 健 |
|
周婕妤 |
满在伟 |
邵明龙 |
朱灵桓 |
张莹莹 |
张 玲 |
赵 犇 |
|
王建莉 |
赵安琪 |
李 祝 |
韩业慧 |
郑鹏博 |
郅 岩 |
任怡琳 |
|
王大明 |
顾秋亚 |
李国莹 |
唐 波 |
蒋 芸 |
王 娜 |
郑晓吉 |
|
14级 (40人) |
彭 枫 |
战春君 |
高瑞杰 |
冯 岳 |
吕永坤 |
王盼盼 |
刘庆涛 |
马文龙 |
周正雄 |
徐慧慧 |
蒋 毅 |
周胜虎 |
金 亮 |
钱 玮 |
|
邓华祥 |
魏志文 |
赵伟欣 |
尹 花 |
蔡国林 |
杨新超 |
董晋军 |
|
王 睿 |
宋哲玮 |
周俊平 |
莫 芹 |
袁海波 |
柳亚迪 |
马文渐 |
|
胡 蝶 |
刘莉娜 |
洪若宇 |
宫璐婵 |
李尧慧 |
方 程 |
罗长财 |
|
梁 赢 |
唐传红 |
夏媛媛 |
程中一 |
赵美琳 |
|||
15级 (42人) |
李 昕 |
聂简琪 |
高 松 |
罗正山 |
杨 帆 |
杨 菊 |
石 诚 |
汤 恒 |
张云丰 |
陈 臻 |
周松涛 |
刘晶晶 |
牛腾飞 |
王 浩 |
|
杨 梅 |
王 蕾 |
高 聪 |
宋 伟 |
叶 超 |
田甜甜 |
钟和平 |
|
刘永娟 |
潘 龙 |
刘亚菲 |
王馨叶 |
安建宏 |
李 谞 |
郑俊贤 |
|
王均华 |
赵 磊 |
李 闯 |
陈 春 |
张 康 |
靳光远 |
靳文斌 |
|
王柏文 |
孙 雷 |
赵 岩 |
彭星桥 |
程 实 |
韩来闯 |
庞 博 |
|
16级(56人) |
陈 祥 |
刘金彬 |
陈 玥 |
彭 政 |
张晓龙 |
张 熙 |
王 琼 |
李 岑 |
凌美希 |
原攀红 |
杨 筱 |
翁志兵 |
庞翠萍 |
邱学良 |
|
黄 婷 |
孟 迪 |
田乔鹏 |
齐艳利 |
郭 亮 |
胡贵鹏 |
邓洁莹 |
|
崔世修 |
顾 洋 |
杨 华 |
龚 磊 |
王石垒 |
闫 岩 |
张丹平 |
|
田灵芝 |
潘学玮 |
孙 杨 |
许银彪 |
贾禄强 |
方 宇 |
姚城镇 |
|
陶秀梅 |
童颖佳 |
姚动邦 |
高江婧 |
马 玥 |
张红霞 |
胡金远 |
|
刘文虎 |
张 将 |
王 上 |
闫光松 |
李志涛 |
杨 婷 |
王颖妤 |
|
韩红梅 |
吴 迪 |
李 宁 |
刘宇锋 |
徐 建 |
王玉芹 |
乔艳明 |
2、在读硕士研究生:
年 级 |
名 单 |
||||||
14级 (166人) |
李 婷 |
张震阳 |
赵子豪 |
王小梅 |
杨 帆 |
杨腾义 |
熊天真 |
马素梅 |
程 艳 |
高 媛 |
王晨蕾 |
张海林 |
熊君燕 |
顾 泉 |
|
王盼盼 |
亓旭辉 |
王 魁 |
薛宇翔 |
陈 振 |
李芳良 |
高 宇 |
|
李瑞勤 |
赵丽婷 |
鲁冰心 |
邱芳芳 |
张琳培 |
陈双全 |
杨 会 |
|
江 流 |
张梦寒 |
胡传旺 |
孟庆达 |
李倩倩 |
李占方 |
李雯霞 |
|
陈 宇 |
潘红波 |
杨 益 |
王立通 |
丁雯雯 |
高云飞 |
杨秀超 |
|
巩 旭 |
翁焕娇 |
赵一凡 |
阮 洁 |
田金凤 |
杨 歌 |
朱天傲 |
|
范子豪 |
程锦涛 |
张思捷 |
肖 超 |
李 浩 |
唐栋健 |
裴万礼 |
|
李 云 |
王 爽 |
孙 萌 |
孙安然 |
黎若熙 |
常开霞 |
王然然 |
|
李 兵 |
侯德宝 |
巩尊洋 |
何洪刚 |
许永杰 |
鲍家伟 |
金蓓蓓 |
|
施 慧 |
叶卫花 |
吴安宁 |
程 军 |
张美丹 |
李 欣 |
张蔡喆 |
|
戚云龙 |
肖亚朋 |
陈夏林 |
陈 稳 |
吴志勇 |
卢正珂 |
张 明 |
|
田成福 |
涂庭勇 |
王 浩 |
洪嘉鹏 |
唐 松 |
颜 鹏 |
黄 浩 |
|
杨宏宇 |
胡春芹 |
李 勋 |
范 凯 |
邹 伟 |
孙太强 |
曹倩雯 |
|
高亚楠 |
李亚妃 |
朱传柳 |
王雨舟 |
朱 琳 |
吴 芹 |
耿梦华 |
|
唐 煜 |
付旭东 |
张 欢 |
张文蕾 |
韩 唱 |
于林港 |
许 焰 |
|
王 鹏 |
万清徽 |
王玉君 |
朱胜杰 |
张清文 |
陆柳伸 |
张景景 |
|
刘文容 |
沙 莎 |
邢敏钰 |
林建春 |
黄根树 |
姚智绚 |
王 韬 |
|
张燕可 |
张亚慧 |
宋翠翠 |
朱蒙蒙 |
戴 玥 |
陈 红 |
方 磊 |
|
郭阳阳 |
王迎政 |
林乃馨 |
王晓冬 |
王巧河 |
丁 含 |
陈纪龙 |
|
吕 俊 |
吴 杰 |
高 芝 |
云 建 |
孙海烨 |
耿 鹏 |
李 静 |
|
刘倩妮 |
李坤鹏 |
刘冬冬 |
王晓姣 |
黄建华 |
魏照辉 |
赵明涛 |
|
孙东东 |
王永远 |
张玉红 |
王春帅 |
张智威 |
徐萌萌 |
张 帆 |
|
梁姗姗 |
王 哲 |
刘 情 |
秦丽娟 |
陆竞争 |
|||
15级 (197人) |
李 翔 |
王世杰 |
高 雄 |
杨思鸣 |
陈丽霞 |
徐锦瑾 |
望必莹 |
沈天成 |
宋春艳 |
罗 炜 |
王云龙 |
张 宇 |
谢圣凯 |
杨向会 |
|
汪 飞 |
刘动斌 |
王泽政 |
杨 翠 |
周静雨 |
张 龙 |
项良剑 |
|
陈 娜 |
马 宁 |
赵 梅 |
邹宗胜 |
沈梦烨 |
张 琦 |
朱五二 |
|
任春慧 |
刘 凡 |
龚舒蓓 |
王晨晶 |
王尹叶 |
袁 源 |
丁 霞 |
|
李巧玉 |
王 博 |
景培源 |
操小超 |
滕 宇 |
罗 权 |
张光远 |
|
高荣伟 |
马文静 |
彭小雨 |
李诗洁 |
黄 浩 |
胡翔颖 |
任蕊蕊 |
|
习朝文 |
尹小强 |
吴佳静 |
曹荣锟 |
许 鑫 |
贾瑞楠 |
徐廷弼 |
|
周 洁 |
张 鑫 |
贾向印 |
朱佳琪 |
秦 奔 |
江 威 |
李韵雅 |
|
唐明月 |
郭 渊 |
秦 雯 |
杨 彬 |
刘 晖 |
张 权 |
邓 琛 |
|
任立均 |
武耀康 |
王 毳 |
张 振 |
豆欣喜 |
解西柱 |
禹 伟 |
|
魏 媛 |
董婷婷 |
杜 瑶 |
赵俊杰 |
马 玉 |
苏先峰 |
王慧军 |
|
战绍斌 |
王 岳 |
占米林 |
邢婉茹 |
姜明扬 |
景晓冉 |
梁 晨 |
|
邓 怡 |
汪 芳 |
龙梦飞 |
沙宗焱 |
徐朝阳 |
韩 冰 |
卢 潇 |
|
黄孟楠 |
董 伟 |
郭 瑞 |
卢佳伟 |
栾明月 |
黄 森 |
张美玲 |
|
陈珊珊 |
孙佼文 |
槐强强 |
谢 方 |
杨慧敏 |
赵晓琴 |
孙浩本 |
|
陈丹园 |
王华广 |
刘雨露 |
王开道 |
刘小锋 |
龙 婧 |
朱 强 |
|
王程成 |
杨一涵 |
陶玲玲 |
丁华建 |
陈 思 |
赵 慧 |
王 瑞 |
|
李雨桐 |
陈 磊 |
刘 军 |
黄依佳 |
张婧波 |
管章瑞 |
李云菲 |
|
孙 帆 |
潘 阳 |
孙益荣 |
姚锴琳 |
聂元皓 |
崔凯翔 |
刘 军 |
|
冯利利 |
李小东 |
黄 杨 |
郑梦玲 |
舒群峰 |
黄 玲 |
李小龙 |
|
朱晓军 |
杨 娇 |
李英南 |
宋春丽 |
任天雷 |
白 梅 |
段艳婷 |
|
林 荣 |
王 男 |
林 旭 |
卢 菲 |
李 瑜 |
张学秋 |
马 燕 |
|
王利杰 |
江传欢 |
孙伟虹 |
张晓凤 |
曲娟娟 |
左文怡 |
贺海涛 |
|
王支海 |
邢宏博 |
王 团 |
张彦位 |
王振栋 |
李莎莎 |
王开放 |
|
刘海燕 |
张腾辉 |
袁亦舟 |
董文华 |
张 群 |
刘思琴 |
陈瑜琦 |
|
赵 玥 |
叶 剑 |
曹晓梅 |
李红月 |
谭展强 |
韩旭艳 |
刘 晶 |
|
孙笑凡 |
赵 菡 |
余 龙 |
张欢欢 |
杨飞 |
梁展斌 |
宋婷婷 |
|
袁 玲 |
|||||||
16级 (218人) |
侯成林 |
王荣斌 |
孙曼曼 |
王新月 |
卢 欢 |
王亚红 |
于凤川 |
武旭攀 |
张 蔚 |
李彦林 |
杨 晗 |
刘 立 |
韦朝宝 |
尧馨慧 |
|
崔凤娇 |
高大禹 |
李 影 |
邹 亮 |
任莉琼 |
张疆睿 |
张海冰 |
|
王开方 |
令狐梅 |
程宏烨 |
陈彩霞 |
丁娜娜 |
朱康佳 |
卢伟强 |
|
陆春波 |
李 阳 |
孟 奇 |
李传舜 |
马忠宝 |
张 强 |
宋伟艳 |
|
杨谨华 |
郑天飞 |
黎青华 |
李俊雯 |
张伟建 |
周 峰 |
何张兰 |
|
林泉秀 |
徐 洁 |
李益烽 |
李菲菲 |
夏 静 |
葛彬彬 |
吴晓利 |
|
褚召娟 |
丁学峰 |
王 琦 |
陈园园 |
秦 岭 |
周 星 |
冯 永 |
|
马建涛 |
吴 傲 |
金学荣 |
陈 笑 |
李 青 |
赵 林 |
贾 云 |
|
罗 意 |
王增妹 |
毛江川 |
高鹏岩 |
丁 强 |
崔亚铨 |
李 凯 |
|
李东东 |
吴秋兰 |
窦 欣 |
林 春 |
乔伟华 |
王诗卉 |
吴承晋 |
|
张 灿 |
袁宇翔 |
黄婷婷 |
姜 竹 |
王 越 |
潘梦妍 |
苏 轩 |
|
刘晓慧 |
齐小慧 |
谢文娟 |
刘逸凡 |
程妙文 |
丰 险 |
肖 琳 |
|
阚宝军 |
倪 婕 |
朱 诚 |
刘贝贝 |
王 越 |
张文丽 |
邓陈琪 |
|
刘 菲 |
李翔飞 |
刘 松 |
谭春林 |
周云冬 |
王 婕 |
朱新文 |
|
李宗文 |
刘 翔 |
张舒萍 |
龚定芳 |
许 萌 |
张劲楠 |
严 建 |
|
杨林青 |
黎 剑 |
陈丹阳 |
李蒙蒙 |
杨 燕 |
朱竹兵 |
吴警涛 |
|
杨 柳 |
姚佳明 |
李婷婷 |
周 莉 |
邹凌波 |
田 欣 |
汪薛良 |
|
张 赟 |
朱丽飞 |
丁志祥 |
杨 俊 |
宗迅成 |
王淼淼 |
高 鑫 |
|
郭志勇 |
王 宁 |
刘思思 |
杨亚楠 |
赵雅琪 |
杜 立 |
王鑫淼 |
|
杜如冰 |
刘冲冲 |
许秋婷 |
李 晨 |
赵 恺 |
杜夜星 |
李娇娇 |
|
史 伟 |
郝梦瑶 |
程 慧 |
李 静 |
焦亭亭 |
曹艳丽 |
王慧琳 |
|
刘志鹏 |
谭煜炜 |
张 玲 |
黄 静 |
刘 晗 |
梅 义 |
强书敏 |
|
黄静雯 |
蒲秀鑫 |
沈咪娜 |
徐鹏翔 |
黄壮壮 |
孙柳青 |
王拂祥 |
|
董贵彬 |
刘国强 |
喻奇薇 |
吴传超 |
徐富成 |
封金云 |
莫红梅 |
|
朱 洁 |
朱思远 |
王 彤 |
汪利文 |
高 霖 |
胡鹏飞 |
徐富增 |
|
杨佩珊 |
於瑞梅 |
杨贞妮 |
许 杰 |
王 頔 |
李利宏 |
周丽仙 |
|
冯丽妍 |
杨汉昆 |
魏 佳 |
王壮壮 |
王德庆 |
朱 静 |
任东雪 |
|
王程程 |
张文龙 |
王子凡 |
徐冰冰 |
张 倩 |
王 钦 |
蔡 文 |
|
徐 波 |
蔡蓉凤 |
巫朦朦 |
聂晶晶 |
姚斌斌 |
蓝 瑶 |
缪胜男 |
|
王 超 |
刘 辉 |
侯倩倩 |
祖金珊 |
朱敏阳 |
梁 川 |
夏彦君 |
|
赵 聪 |
(三)研究生学位论文摘要
(2)博士研究生: 陈修来(2016年江苏省优秀博士学位论文)
导师: 刘立明 教授
专业:发酵工程
论文题目:系统代谢工程改造光滑球拟酵母生产富马酸
摘要:本论文以光滑球拟酵母(Torulopsis glabrata)CCTCC M202019为研究模型,借助全基因组规模代谢网络模型iNX804 (Genome scale metabolic model iNX804, GSMM iNX804)深入分析富马酸所参与的代谢途径,结合系统代谢工程与合成生物学的相关技术手段,从系统生物学水平上研究和改造快速高效的富马酸代谢路径、增强富马酸代谢路径中中间代谢物的传输效率、抑制富马酸生产过程中副产物的产生,从而降低碳流的流失、提高富马酸的积累量。主要研究结果如下:
1. 借助T. glabrata基因组规模代谢网络模型iNX804,对富马酸前体苹果酸合成途径进行计算,并结合文献挖掘,确定苹果酸最佳合成途径为胞质还原路径,这一途径涉及到丙酮酸羧化酶(pyruvate carboxylase,PYC)和苹果酸脱氢酶(malate dehydrogenase,MDH);利用代谢工程策略将源于Rhizopus oryzae的PYC和MDH,过量表达于T. glabrata中构建苹果酸合成的胞质还原途径,苹果酸积累量由0.80 g/L提高到4.8 g/L;通过对苹果酸胞质还原途径进行代谢流限制性模拟分析,发现限制胞外苹果酸高效积累的瓶颈在于转运能力弱,进而将源于Schizosaccharomyces pombe的苹果酸转运基因SpMAE1过量表达,最终苹果酸积累量达到8.5 g/L;
2. 富马酸酶作为TCA循环中的重要酶,能够催化苹果酸脱水生成富马酸,是R. oryzae富马酸积累路径中的关键酶。然而,该胞质富马酸酶对底物富马酸的亲和力是对苹果酸的17倍。为了改善该酶的催化效率,采用分子对接的方法筛选出在底物结合位点B区域内具有改善催化效率的潜在突变位点H159S、H159Y、H159V、P160A、P160H、P160T、N161R、N161E、N161F、D162W、D162K和D162M。通过对富马酸酶进行定点突变,测定突变酶的动力学参数(如:Km、kcat、kcat/Km等),筛选出突变体P160A,使得Km降低了53.2%,kcat/Km提高了33.2%。最后,通过在苹果酸生产菌株T.G-PMS中表达突变体P160A,获得的工程菌株T.G-PMS-P160A能够积累5.2 g/L富马酸;
3. 利用线粒体工程修饰改造氧化TCA循环,构建富马酸高效合成路径,涉及的关键酶为α-酮戊二酸脱氢酶(α-ketoglutarate dehydrogenase complex,KGD)、琥珀酰CoA合成酶(succinyl-CoA synthetase,SUCLG)和琥珀酸脱氢酶(succinate dehydrogenase,SDH)。通过构建融合蛋白KGD2-SUCLG2,提高路径底物传输效率;通过控制KGD2-SUCLG2和SDH1的基因表达水平,优化富马酸合成路径。上述改造获得的工程菌株T.G-KS(H)-S(M)的富马酸积累量达到8.24 g/L。另外,通过分析以α-酮戊二酸为前体的胞内氨基酸水平(如:Glu、Gln、Lys和Pro)和涉及该氨基酸代谢的关键基因表达水平,确定了关键代谢瓶颈为精氨琥珀酸裂解酶(Argininosuccinate lyase,ASL),并对ASL进行了过量表达。最后,利用转运子SFC1和SpMAE1实现了富马酸的有效转运,最终改造的工程菌株T.G-KS(H)-S(M)-A-2S能够积累15.7 g/L的富马酸;
4. 借助T. glabrata GSMM iNX804,挖掘所有富马酸相关的代谢途径,包括:TCA还原路径、尿素循环、嘌呤核苷酸循环和氨基酸代谢路径,并分别进行代谢工程改造研究不同路径对富马酸合成的影响,最终确认尿素循环与嘌呤核苷酸循环为富马酸生产的最佳路径,涉及的关键酶分别为精氨琥珀酸裂解酶(Argininosuccinate lyase,ASL)和腺嘌呤琥珀酸裂解酶(Adenylosuccinate lyase,ADSL)。当控制ASL和ADSL的表达水平分别为高和低时,工程菌株T.G-ASL(H)-ADSL(L)的富马酸积累量达到5.62 g/L。另外,借助转运工程策略,将源于S. pombe的二羧酸转运蛋白SpMAE1在工程菌T.G-ASL(H)-ADSL(L)中进行过量表达,最终工程菌T.G-ASL(H)-ADSL(L)-SpMAE1能够积累8.83 g/L富马酸;
5. 通过重新剪接碳代谢网络,选择了富马酸合成路径中的10个必需基因,并将其划分为3个模块:还原模块(PMFM模块)、氧化模块(KSSS模块)和副产物模块(RPSF模块)。通过将PMFM模块和KSSS模块分别定位到细胞质与线粒体中,能够将更多的代谢流导向富马酸合成。利用蛋白质工程,获得富马酸酶突变体P160A、构建融合蛋白RoMDH-P160A和KGD2-SUCLG2,有效地改善了底物的传输效率;通过优化路径中基因表达强度,实现了代谢流的平衡,从而大幅度提高了富马酸的积累量。当控制RoMDH-P160A、RoPYC、KGD2-SUCLG2和SDH1的表达水平分别为高、高、高和中时,工程菌TGFA091-12的富马酸积累量达到20.46 g/L。另外,通过构建DNA绞手架固定RoPYC和RoMDH-P160A进行协同催化、合成sRNA开关sRNA-RHR2和sRNA-PDC6降低副产物的积累,进一步提高了富马酸的积累量,达到33.13 g/L。
关键词:光滑球拟酵母,富马酸,尿素循环,嘌呤核苷酸循环,全基因组规模网络代谢模型,富马酸酶,二羧酸转运蛋白,RNA开关
(2)硕士研究生: 叶超 (2016年江苏省优秀硕士学术学位论文)
导师: 刘立明 教授
专业:发酵工程
论文题目:典型产油脂真菌高山被孢霉和裂殖壶菌基因组规模代谢网络模型的构建与解析
摘要:多聚不饱和脂肪酸(PUFAs)指含有两个或两个以上双键且碳链长度为18-22个碳原子的直链脂肪酸,主要包括ω-6(如花生四烯酸, ARA)和ω-3(如二十二碳六烯酸, DHA)。高山被孢霉虽然是工业化生产ARA的菌株,但仍存在原料利用率低、培养周期长和PUFAs合成机制有待完善等问题,而用裂殖壶菌生产DHA的相关研究仍然处于起步阶段。本文分别构建了高山被孢霉和裂殖壶菌的基因组规模代谢网络模型(Genome-scale Metabolic Model, GSMM)。运用基于约束的分析算法对所构建的模型进行模拟和分析,根据模拟结果来指导实验,并运用比较基因组学的方法对两个模型进行比较,从而发现两者之间高产PUFAs的共性和差异。主要结果如下:
1. 利用同源比对和KAAS在线注释工具,构建了高山被孢霉的粗模型。通过整合生化数据库和文献数据对模型进一步精炼,将模型分为胞内、线粒体、胞外和过氧化物酶体4个细胞分区、添加了247个转运反应和216个交换反应。利用基于Matlab平台开发的Cobra工具箱对模型进行漏洞填补,最终得到了高山被孢霉的GSMM,具有1854个反应、1732个代谢物和1106个基因,将其命名为iCY1106,基因覆盖率为9.51%。必需基因的鉴定结果表明,在以葡萄糖为碳源的最小生长培养基中,有86个必需基因,而以酵母膏为氮源的培养基中仅有49个必需基因。通过基因组注释和文献挖掘,以乙酰辅酶A为前体伴随NADPH合成ARA过程中的一系列脱饱和酶和延长酶被注释出。
2. 运用流量可变分析和鲁棒性分析软件发现ARA积累的最适氧气吸收速率为2.0 mmol·gDW-1·h-1。结合模型发现高山被孢霉胞内有10条途径可以积累乙酰辅酶A。FBA流量分析结果表明从磷酸烯醇式丙酮酸到丙酮酸的途径是胞内乙酰辅酶A的主要来源。而对乙酰辅酶A的消耗途径分析发现,在ARA合成阶段用于氨基酸合成的流量大大降低,因此可通过限氮抑制氨基酸的合成从而提高ARA产量。最后研究了在不同ARA生产强度下涉及NADPH反应的流量变化情况,发现有53个相关反应流量变化明显。其中,苹果酸酶(ME, EC: 1.1.1.40)被证实在ARA的合成过程中能够提供大量的NADPH。进一步运用最小代谢调整(MOMA)算法模拟敲除ME,导致ARA生成速率下降了38.28%。
3. 类似的,利用KAAS和GO在线注释工具,结合同源比对,构建裂殖壶菌的粗模型。接着对模型进行一系列的精炼和漏洞填补,最终得到了裂殖壶菌的GSMM,具有1769个反应、1659个代谢物和1170个基因,命名为iCY1170_DHA,基因覆盖率为7.87%。结合文献挖掘和基因组注释结果证实裂殖壶菌中存在直接以乙酰载体蛋白为前体合成DHA的聚酮合酶系统(PKS),而不是通过传统的脂肪酸合成(FAS)途径合成DHA,乙酰辅酶A和NADPH仍然是PKS途径合成DHA关键因素。由于柠檬酸是TCA循环中能直接生成乙酰辅酶A的有机酸,模拟限定柠檬酸最大吸收速率为1.0 mmol·gDW-1·h-1,使DHA生成速率提高了37.1%,通过柠檬酸裂解酶(ACL, EC: 2.3.3.8)提供的乙酰辅酶A流量增加了23.2%。在苹果酸酶的作用下,苹果酸能生成NADPH,模拟添加苹果酸,限定苹果酸的最大吸收速率为1.0 mmol·gDW-1·h-1,使DHA的产量提高了24.5%,并且由苹果酸酶催化提供的NADPH流量增加了28.6%。
4. 在酵母膏培养基中模拟,发现裂殖壶菌对9种氨基酸(Ala、Gly、Asn、Asp、Cys、Glu、Gln、Ser和Thr)吸收速率达到了最大设定值,表明这9种氨基酸可能对裂殖壶菌的代谢有着重要的作用。进一步在最小葡萄糖培养基中模拟单独添加每种氨基酸对DHA生成速率的影响,依然发现只有添加这9种氨基酸能使DHA生成速率提高。在500 mL摇瓶上验证添加这9种氨基酸,有6种氨基酸(Ala、Gly、Asn、Glu、Ser和Thr)能够提高DHA的产量。其中,添加Asn使得DHA的产量提高了50.55%,达到9.56 g·L-1。结合MOMA算法,预测出30个潜在的可以显著提高DHA生成速率的过量表达靶点,如过量表达乙酰辅酶A合成酶,DHA的生成速率从0.01 mmol·gDW-1·h-1增加到0.0143 mmol·gDW-1·h-1,增加了43%。
5. 通过比较高山被孢霉和裂殖壶菌的KOG分类结果,发现代谢相关的分类中,脂转运及代谢的分类占所有基因的比例分别达到了5.05%和3.89%,表明两菌都含有丰富的脂代谢亚系统。通过比较高山被孢霉、裂殖壶菌和解脂耶氏酵母三个生产PUFAs菌株的模型,发现三者共有457个反应,高山被孢霉特有264个反应,而裂殖壶菌有343个特有反应。分析两菌模型的模拟结果,Glu是唯一的能够提高ARA和DHA的氨基酸。乙酰辅酶A羧化酶和丙酮酸脱氢酶复合体是调控乙酰辅酶A合成PUFAs的关键因素,而苹果酸酶、6-磷酸葡萄糖脱氢酶和磷酸葡萄糖脱氢酶催化的反应则是PUFAs合成过程中NADPH的主要来源。
关键词: 高山被孢霉;裂殖壶菌;基因组规模代谢网络模型;花生四烯酸;二十二碳六烯酸
(3)硕士研究生: 宋伟(2016年江苏省优秀硕专业学位论文)
导师: 刘立明 教授
专业:轻工技术与工程
论文题目:酶法水解精氨酸胍基制备L-鸟氨酸和L-瓜氨酸的研究
摘要:L-鸟氨酸和L-瓜氨酸是非蛋白质氨基酸,在尿素循环中起着非常重要的作用。L-鸟氨酸和L-瓜氨酸被广泛应用于医药、食品和精细化工等领域。本文从水解L-精氨酸胍基的角度出发,实现精氨酸的高值化,利用精氨酸酶 (Arginase,EC3.5.3.1,简称ARG) 和精氨酸脱亚胺酶 (Arginine Deiminase,EC3.5.3.6,简称ADI) 将L-精氨酸胍基水解,生产L-鸟氨酸和L-瓜氨酸,从构建高产酶的菌株和建立高效催化体系两个方面开展研究,进而建立一种高效生产L-鸟氨酸和L-瓜氨酸的新途径。主要结果如下:
1. 基于对精氨酸胍基基团衍生化关键反应的分析,得到精氨酸胍基基团的生化反应和关键酶类。L-精氨酸在精氨酸酶和精氨酸脱亚胺酶的作用下,经胍基水解分别得到L-鸟氨酸和L-瓜氨酸这两种典型产品。
2. 在构建精氨酸酶高产菌株时,结合数据库检索和文献调研对精氨酸酶相关参数进行挖掘,最终选择Bacillus caldovelox DSM411生产的ARG作为精氨酸胍基水解生产L-鸟氨酸的酶制剂。为了克服野生菌株生产ARG酶产量低的缺点,通过密码子优化以及分子生物学手段,将ARG基因过量表达于E. coli BL21 (DE3) 中,获得一株ARG高产菌株FMME096。重组菌株FMME096经过培养基和诱导条件优化,在最优培养基TB培养基中培养6 h后,添加0.4 mmol·L-1的IPTG诱导6 h,ARG酶活可达177.3 U·mL-1,比野生菌株提高了47.9倍。通过对重组ARG生化特征研究,发现重组ARG最适温度为60oC,最适pH为9.0;Mn2+是ARG的激活剂,在添加Mn2+的条件下,ARG酶活力提高了28%。
3.经转化条件优化得到精氨酸胍基水解生产L-鸟氨酸的高效转化体系:12 g·L-1的菌体细胞和170 g·L-1的L-精氨酸在60oC、pH9.0的条件下转化4 h,此时L-鸟氨酸的产量即可达到最大值105.3 g·L-1,转化率为81.3%。外源添加Mn2+对ARG有激活作用,Mn2+的浓度为10 µmol·L-1时,L-鸟氨酸的产量最高为112.3 g·L-1,转化率87.1%,比未添加Mn2+提高了6.6%,单位菌体L-鸟氨酸产量为9.4 g·g-1。
4. 在构建精氨酸脱亚胺酶高产菌株时,以易错PCR对ADI进行突变,通过从突变文库里筛选获得一株性质改善的ADI生产菌株FMME106 (R127T, R395M)。突变菌株Km值降为3.5 mmol·L-1,比活力为195.7 U·mg-1,提高了38.3%。通过对重组ADI生化特征研究,发现重组ADI最适温度为50oC,最适pH为7.2。综合考察了培养基种类、甘油浓度、葡萄糖浓度、乳糖浓度对ADI生产的影响,得到最佳的ADI生产条件:在TBA培养基中,甘油8 g·L-1,葡萄糖0.6 g·L-1,乳糖3 g·L-1,酶活可以达到7.5 U·mL-1,是野生菌株的90多倍,单位菌体产酶能力达到2.5×103 U·g-1。
5. 在建立精氨酸胍基水解生产L-瓜氨酸高效催化体系的过程中,采用静息细胞转化法生产L-瓜氨酸,底物进出细胞是影响催化的限制性因素。通过正交实验得到最佳转化组合为:15 g·L-1的菌体细胞 (2%异丙醇处理30 min) 和190 g·L-1的L-精氨酸在50oC、pH7.2的条件下转化8 h,L-瓜氨酸的产量最高为172.1 g·L-1,转化率为90.1%,生产强度为21.5 g·(L·h)-1,单位菌体L-瓜氨酸产量为11.8 g·g-1。其中L-精氨酸是影响转化的最主要因素。
关键词:L-精氨酸;L-鸟氨酸;L-瓜氨酸;精氨酸酶;精氨酸脱亚胺基酶;发酵优化;酶转化
五、实验室开放:
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